1948 yılında Ankara’da doğan Şen, eğitim hayatını Münster Vestfalya Wilhelm Üniversitesi’nde (İşletme) tamamladı ve Duisburg-Essen Üniversitesi’nde profesörlük yaptı. Türkiye Araştırmaları Merkezi’ni (TAM) kurarak 1985-2008 yılları arasında yönetti. Şen, son olarak TAVAK Vakfı’nın Yönetim Kurulu Başkanlığı görevini yürütüyordu.
77 yaşında vefat eden Prof. Dr. Faruk Şen'in cenazesi, İstanbul Beykoz'daki Kanlıca Mezarlığı'nda toprağa verilecek.